Bolsonaro autorizou mais de 250 mil hectares de fazenda em Território Indígena, de acordo com levantamento feito pela Agência Pública. No início da gestão como presidente, em 2019, pelo menos 42 fazendas foram certificadas de maneira irregular, contrariando as leis previstas pela Fundação Nacional do Índio (Funai), que deveriam proteger essas terras.
Em abril de 2020, uma mudança nas normativas da Funai autorizou a entrega de certificação de terras privadas em áreas indígenas não homologadas. No mesmo mês foram feitas 72 novas certificações, mais de uma por dia.
Terras indígenas (TI) não homologadas, são aquelas cujo estudo foi finalizado e falta apenas a assinatura presidencial para realizar a demarcação. O governo Bolsonaro não homologou nenhuma terra indígena até hoje, ao contrário ele estimulou os conflitos incentivando as invasões por fazendeiros e paralisando os processos de demarcação. A maior parte das invasões por fazendeiros está na região amazônica.
Os fazendeiros precisam cadastrar as terras num sistema do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), o Sigef, para obter registro em cartório, acessar financiamentos, licenciar obras, como hidrelétricas ou mineração. Com a certificação liberada, as terras indígenas em processo de demarcação deixam de ser um empecilho para o registro das propriedades, são 235 no total. As áreas com portaria de restrição de uso, de referência de índios isolados e cedidas para usufruto indígena, assim como aquelas que estão sendo reivindicadas para demarcação perdem a proteção.
Através do Sistema Nacional de Cadastro Ambiental Rural (CAR/Sicar) que incide sobre áreas indígenas em sete estados da Amazônia é possível verificar mais de 2 mil propriedades privadas autodeclaradas e 500 delas invadem territórios de povos isolados. A mudança proporcionada pelo chamado PL da grilagem (PL 2633/2020) pode permitir que essas áreas sejam regularizadas.
Até a data do levantamento, eram mais de 100 fazendas com a nova certificação, atingindo 12 TIs e 10 povos indígenas. A responsabilidade pela mediação dos conflitos caberia à Funai, no entanto o atual presidente do órgão é militar, indicado pelo governo e atua deliberadamente contra os direitos dos povos, criando uma Funai anti-indígena. Em junho, os trabalhadores da instituição entraram em greve e pediram a derrubada de Coronel Xavier do cargo.
As medidas contra os povos originários mostram a maneira como o governo vem atacando sistematicamente os direitos indígenas. Passados dois anos, o número de certificações se multiplicou ainda mais. Por isso, a Apib responsabiliza Bolsonaro e Xavier pelo assassinato de Bruno Pereira e Dom Philips, pelo Massacre de Gwaipoy e a escalada de violência nos territórios.